Durante su gestión como secretario de Seguridad Ciudadana de la capital del país, la institución de Omar García Harfuch recibió diversas recomendaciones de la Comisión de Derechos Humanos capitalina. Estos son algunos de los casos.
Casos de tortura, detenciones arbitrarias y agresión sexual son parte de las violaciones a los derechos humanos cometidas en la Secretaría de Seguridad Ciudadana de la Ciudad de México (SSC-CDMX) durante la gestión de Omar García Harfuch. Esos hechos fueron comprobados con el Protocolo de Estambul (manual para la investigación de agresiones, tratos crueles e inhumanos), partes médicos y otros mecanismos implementados por instancias públicas, que derivaron sólo en cinco recomendaciones por delitos o trasgresiones graves contra las víctimas.